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荧光定量PCR法检测的是SYBR Green掺入到双链DNA中的量。SYBR Green掺入到双链DNA中后会发出荧光。但是只要是双链,它都掺。
而探针法是当探针结合到目标序列上以后,聚合酶降解探针后,探针上自带的荧光基团离开淬灭基团,从而发出荧光。
从两者的原理上来看,不难判断,荧光PCR法更加简单方便,而且成本低。而探针法特异性更强。
扩展资料:
荧光定量PCR(Flurogenic Quantitative Polymerase ChainReaction,FQ-PCR;real-time quantitative PCR, RT-qPCR or qPCR)。
1996 年由美国Applied Biosystems 公司推出的一种新定量试验技术,它是通过荧光染料或荧光标记的特异性探针,标记跟踪PCR产物进行实时监测反应,利用与之相适应的软件对产物进行分析,计算待测样品模板的初始浓度。
参考资料来源:荧光定量PCR_百度百科
影响荧光PCR的因素很多,但从操作和技术上来讲应该要注意一下几点:
1.
RNA的完整性
因为RNA一旦降解所定量的结果就不能正确反映样品中mRNA的量,所得的结果也是错误的。所以在RNA提取过程中要严格遵守操作规范,避免RNA酶的污染。
2.
RNA样品中的基因组DNA污染
提取的RNA样品中不可避免地混有少量的基因组DNA。基因组DNA对试验有两个影响:一是影响对RNA的精确定量;二是影响PCR扩增的特异性。
3.
PCR反应体系的优化
PCR扩增过程必须保证扩增产物只有特异的目标产物,为此,首先要保证PCR反应体系达到最优。目前许多公司都有用于实时定量PCR反应的试剂盒,可以方便PCR反应的操作。
4.
反转录
反转录所得cDNA的量必须精确地等于相应的mRNA的量,反转录对于实时定量PCR来说是非常关键的一步。目前常用的反转录酶有2种:AMV-RT和MMLV-R。反转录常用的引物有随机引物、Oligo-dT和特异引物。相比之下Oligo-dT和特异性引物更适合实时定量PCR。
5.利用实时定量PCR研究基因表达时,一般用相对定量的方法相对定量必须用到内标基因。可靠的内标基因应是在不同细胞类型、不同试验条件下都稳定表达的持家基因。常用的内标基因有β-tublin、actin、
GAPDH、18sRNA、efla和Cyclophilin等。尽管在大多数情况下这些持家基因的表达非常稳定,但是
最近有报道认为这些持家基因的表达在某些情况下会发生变化。也就是说并不是任何内标基因都适合
任何试验。在选择内标基因时,应仔细考虑各种因素,选择合适的内标基因或内标基因组合。
荧光定量pcr法检测的是sybr
green掺入到双链dna中的量。sybr
green掺入到双链dna中后会发出荧光。但是只要是双链,它都掺。
而探针法是当探针结合到目标序列上以后,聚合酶降解探针后,探针上自带的荧光基团离开淬灭基团,从而发出荧光。
从两者的原理上来看,不难判断,荧光pcr法更加简单方便,而且成本低。而探针法特异性更强。所选序列应该高度特异。应该选择具有最小二级结构的扩增子。这是很重要的,因为二级结构会影响反应效率。在任何实时应用中期望获得100%的扩增反应效率,这意味着每次循环中,体系内的扩增子都有两倍的增加。如果二级结构在热力学上比寡聚目的基因更稳定,那目的基因的杂交将会失败。二级结构还会阻碍酶的扩增。如果扩增子的二级结构不能避免,则引物的退火温度要相应提高。在整个过程中,我们要进行blast和类似的分析,以确保特异性。
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评论
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